Thực hiện Quyết định số 144/2006/QĐ-TTg ngày 20/6/2006 của Thủ tướng Chính phủ quy định áp dụng Hệ thống quản lý chất lượng theo tiêu chuẩn TCVN ISO 9001:2000 vào hoạt động của các cơ quan hành chính Nhà nước và Quyết định số 118/2009/QĐ-TTg ngày 30/9/2013 của Thủ tướng Chính phủ về việc sửa đổi, bổ sung một số điều của Quyết định số 144/2006/QĐ-TTg. Từ tháng 6/2012, Ban Quản lý đã tiến hành xây dựng, áp dụng Hệ thống quản lý chất lượng phù hợp tiêu chuẩn quốc gia TCVN ISO 9001:2008 đối với các thủ tục hành chính đang áp dụng thực hiện tại Ban Quản lý.

Sau hơn 1 năm triển khai xây dựng, áp dụng hệ thống quản lý chất lượng, ngày 31/12/2013, Ban Quản lý được Tổng cục tiêu chuẩn Đo lường chất lượng - Bộ Khoa học và Công nghệ cấp Giấy chứng nhận Hệ thống quản lý chất lượng phù hợp tiêu chuẩn quốc gia TCVN ISO 9001:2008 (Quyết định số 478/QĐ-TĐL kèm theo Giấy chứng nhận số 2312/2013) đối với 81 thủ tục hành chính trên lĩnh vực: Đầu tư trong nước, đầu tư của nước ngoài; hoạt động thương mại; xuất khẩu, nhập khẩu; lao động; hạ tầng kỹ thuật khu công nghiệp; môi trường; hành chính tư pháp.