Thông tư này bổ sung quy định về Hồ sơ đề nghị cấp Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa trong trường hợp hàng hóa xuất khẩu gửi kho ngoại quan. Cụ thể, hồ sơ không chỉ bao gồm các loại giấy tờ như Đơn đề nghị cấp C/O được kê khai hoàn chỉnh và hợp lệ; Mẫu C/O tương ứng đã được khai hoàn chỉnh; Bản sao tờ khai hải quan đã hoàn thành thủ tục hải quan…được quy định từ khoản 1 đến khoản 8 Điều 9 Thông tư số 01/2013/TT-BCT, mà còn bao gồm 03 loại giấy tờ sau: Tờ khai hàng hóa nhập khẩu, xuất kho ngoại quan có xác nhận hàng đến cửa khẩu xuất của cơ quan Hải quan và phiếu xuất kho; Hợp đồng hoặc văn bản thỏa thuận ký giữa thương nhân Việt Nam với người khách hàng nước ngoài gửi tại kho ngoại quan; Hợp đồng hoặc văn bản thỏa thuận ký giữa khách hàng nước ngoài gửi hàng tại ngoại quan với người nhập khẩu tại nước có Hiệp định tự do với Việt Nam.
Ngoài ra, Thông tư này cũng quy định thêm: Người đề nghị cấp Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa phải là thương nhân Việt Nam. Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 16/02/2013.